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兄弟倆再次重逢的約定，將與一樁神秘的陰謀互相糾葛！

被拆散至兩個不同平行世界的愛力克兄弟，努力尋找著能夠與對方重逢的方法。哥哥愛德華‧愛力克被送到了西元1923年的德國慕尼黑，由於所擅長的鍊金術遭到封鎖，愛德於是透過長相跟弟弟十分神似的年輕人阿爾馮斯‧海德利西的幫助，試圖利用科學技術「火箭工學」的力量返回自己所屬的世界。

由於第一次世界大戰的戰敗，導致德國發生毀滅性的通貨膨脹，感到不滿的人們開始了反抗行動，其中有一群人為了尋找理想國度「香巴拉」(香巴拉是藏語，發音同印度語香格里拉)而暗中活躍著，而愛德也因此意外地找到回家的方法。透過海斯，阿爾馮斯等人將火箭實驗獻給了豪斯候法所率領的「杜利協會」，豈料這群人的真正目的卻是企圖將超自然現象與科學加以結合，利用此一力量開啟通往香巴拉之路，以成立一個排除異族的單一種族國家。

另一方面，在鍊金術世界這邊也已過了兩年的時間。軍人羅伊‧馬斯坦古成為駐守北方邊境地帶的士兵，而阿姆斯壯則離開軍隊開始他的建設事業。因為哥哥愛德的鍊成而找回身體，卻因此失去了四年來旅途記憶的阿爾馮斯‧愛力克，目前是個13歲的少年；他在師父伊茲米的身邊重新修練完鍊金術之後，一邊旅行一邊尋找哥哥的下落。

杜利協會利用化為巨龍的恩維與愛德所繪出的鍊成陣，終於成功開啟了連結兩個世界的「門」。打算奪取香巴拉的人們，紛紛派出複葉機等機械文明的武器展開攻擊，而這兩個世界也在意外的狀況下，讓人發現了它們之間的關聯，鍊金術世界此刻正面臨著絕大的危機。

努力尋求重逢機會的愛力克兄弟，即將遭遇這個震撼全世界的重大事件，他們究竟將如何面對這樣一個全新的局面？

當兩人擊掌之時，也是全新真相鍊成的時刻！