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「我想請你們幫我解決某起事件，但如果你們失敗的話...」 在神秘委託者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 「你能了解失去心愛的人，是什麼樣的心情嗎？工藤」 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身分，難道是...。就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走成為了人質。追查著怪盜基德的「高中偵探始祖」白鳥探，也接到了神秘男子的委託。這些偵探們將與柯南一同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著一連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、白馬、基德以及小五郎與其他刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間一分一秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，敵人卻又設下了最後一道陷阱。柯南的身體究竟會...？

兄弟倆再次重逢的約定，將與一樁神秘的陰謀互相糾葛！ 被拆散至兩個不同平行世界的愛力克兄弟，努力尋找著能夠與對方重逢的方法。哥哥愛德華‧愛力克被送到了西元1923年的德國慕尼黑，由於所擅長的鍊金術遭到封鎖，愛德於是透過長相跟弟弟十分神似的年輕人阿爾馮斯‧海德利西的幫助，試圖利用科學技術「火箭工學」的力量返回自己所屬的世界。 由於第一次世界大戰的戰敗，導致德國發生毀滅性的通貨膨脹，感到不滿的人們開始了反抗行動，其中有一群人為了尋找理想國度「香巴拉」(香巴拉是藏語，發音同印度語香格里拉)而暗中活躍著，而愛德也因此意外地找到回家的方法。透過海斯，阿爾馮斯等人將火箭實驗獻給了豪斯候法所率領的「杜利協會」，豈料這群人的真正目的卻是企圖將超自然現象與科學加以結合，利用此一力量開啟通往香巴拉之路，以成立一個排除異族的單一種族國家。 另一方面，在鍊金術世界這邊也已過了兩年的時間。軍人羅伊‧馬斯坦古成為駐守北方邊境地帶的士兵，而阿姆斯壯則離開軍隊開始他的建設事業。因為哥哥愛德的鍊成而找回身體，卻因此失去了四年來旅途記憶的阿爾馮斯‧愛力克，目前是個13歲的少年；他在師父伊茲米的身邊重新修練完鍊金術之後，一邊旅行一邊尋找哥哥的下落。 杜利協會利用化為巨龍的恩維與愛德所繪出的鍊成陣，終於成功開啟了連結兩個世界的「門」。打算奪取香巴拉的人們，紛紛派出複葉機等機械文明的武器展開攻擊，而這兩個世界也在意外的狀況下，讓人發現了它們之間的關聯，鍊金術世界此刻正面臨著絕大的危機。 努力尋求重逢機會的愛力克兄弟，即將遭遇這個震撼全世界的重大事件，他們究竟將如何面對這樣一個全新的局面？ 當兩人擊掌之時，也是全新真相鍊成的時刻！

在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。 警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。 另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院—山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委託他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。 柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！ 瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新一並稱的西部高中生偵探——部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一。 他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！