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由於史上空前的大災難「第二次衝擊」突然發生,因而造成人類近半數死亡,世界各地都留下了嚴重破壞的痕跡。經過一段長時間的修生養息之後,大家都認為平靜的日子即將恢復。
一名14歲少年‧碇真嗣被父親叫到了第3新東京市,等待著與父親見面。此時,在他眼前的山林間突然出現了巨大的生物!那是被稱為「使徒」的神秘存在。不久,聯合國軍隊隨即與使徒展開激烈交戰,一旁的真嗣遭到戰鬥的爆風波及,面臨生死存亡的危機,最後幸運地被一個名叫「葛美里」的女子所救。
真嗣搭乘美里的車來到了特務機關NERV本部,並在這裡與相隔10年未見面的父親重逢。然而真嗣的父親‧碇源堂所做的第一件事,卻是讓真嗣看他秘密研發的巨大人型兵器,並強迫真嗣與使徒作戰。這就是真嗣和人造人福音戰士「初號機」的第一次邂逅。
真嗣雖然不願從命,但是當他看到女駕駛綾波零負傷後,終於放棄逃避的念頭,決定出擊。在完全沒有接受訓練的狀況下,首次駕駛EVA初號機的真嗣與使徒陷入了對峙。
背負著全世界命運的14歲少年真嗣,他究竟要如何戰鬥?而隱藏在第二次衝擊中的關鍵字「人類補完計劃」究竟又是什麼?
掌握一切謎題關鍵的碇源堂,在一旁冷眼盯著真嗣的苦戰……