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15年前，北大西洋的海上。

一艘在深夜濃霧中航行的貨輪「第一八代丸」，由於未能及時發現前方的巨大冰山，在猛烈的撞擊後引擎室受到重創，整艘船也在不久之後沉沒，雖然大多數的船員都順利獲救，但船長與一名船員還是不幸罹難。

時間來到了現代，東京西多摩市的別墅勝地。

「八代造船」是大財閥八代集團的成員之一。該公司的設計師八代英人在駕車時突然心臟病發作，連人帶車衝向山谷，車子在墜落山谷後隨即起火燃燒，八代英人也在這起意外中喪生。

跨越15年時空，這兩起分別發生於海上與陸地的意外，沒想到居然會是一樁即將展開之陰謀的序幕。

豪華客輪「愛芙羅黛蒂號」正航行於太平洋上。

柯南、小蘭、小五郎等一行人在園子的招待下，前往參加「愛芙羅黛蒂號」的處女航行。這次的受邀者都是政財界以及社交界的頂尖人物，而這艘美麗的尤物也不負眾人所望，演出了一場名符其實的華麗航海秀。

然而，這場華麗的航海秀卻突然蒙上了一層陰影。

此時，混入船上的詭異人物趁機襲擊園子並加以監禁，雖然後來園子在柯南的推理下平安地被救出，但沒過多久卻又發生了殺人事件，被害者是八代客輪的社長八代貴江，她正是半個月前在西多摩市意外死亡的八代英人的妻子；而緊接著這起殺人事件之後，八代集團的會長八代延太郎（貴江的父親）竟也突然在船上失蹤。

目暮警部在獲報後，隨即率領調查人員搭乘直昇機前往愛芙羅黛蒂號。除了負責管轄的海上保安廳展開積極的偵查外，陸上的警視廳也決定要重新調查日前在西多摩市發生的意外。

在海陸兩路接連佈下搜索網的同時，柯南也利用船上的線索展開他的獨立推理，此刻在船上的600名船員與乘客個個都有嫌疑，而犯人也設下了時間陷阱等待著眾人上鉤。這時候的小五郎當然也不甘示弱，他做出了與警方、柯南完全不同的推理，他這次究竟是跟以往一樣胡亂猜測？抑或是根據身為偵探的第六感而認真做出的推理呢？

在警方、柯南、小五郎調查的背後，犯人設下的巨大陰謀正式展開！

這場處女航行的重頭戲——歡迎酒會就在這種人心惶惶的氣氛中開始，而小五郎與柯南也在會場中展開了一場推理大賽。原本以為還差一步就能找到事件的真相，沒想到此時船內的引擎室卻突然發生大爆炸，原來犯人在愛芙羅黛蒂號的主要設備上裝置了炸彈。爆炸後搖晃不停的船身讓船員與乘客陷入一片恐慌，船上600條人命已完全掌握在犯人的魔掌之中。

在無路可逃的海上發生的這場大混亂，也使小蘭面臨了生命危險。犯人的目的究竟是什麼？

柯南與小五郎是否能粉碎犯人的陰謀，順利救出小蘭呢？

而柯南（新一）與小蘭這段跨越時空的感情牽絆，正是解開這一連串事件的最大關鍵！